Allele HLA-C*06 są genetyczną komponentą predysponującą do reakcji autoimmunizacyjnych prowadzących do łuszczycy. Badania ludzkiego genomu potwierdziły, że ze wszystkich genów HLA-C wykazuje najwyższy związek z łuszczycą, a HLA-C*06 można uznać za zdecydowanie najpotężniejszy marker genetyczny tej choroby. W przewlekłych zapalnych chorobach skóry oznaczenie HLA-C*06 ma duże znaczenie w diagnostyce różnicowej, ponieważ obecność antygenu HLA-Cw6 wiąże się w szczególności z łuszczycą zwyczajną typu 1 (OR 16,0) i łuszczycą grudkową (OR 33,6) , a stosunkowo słabo jest związany (OR 2,6) z łuszczycą pospolitą typu 2. W typie 1 łuszczycy zwykłej około 83% pacjentów jest nosicielami allelu HLA-C*06, podczas gdy w typie 2 odsetek pacjentów HLA-Cw6-dodatnich wynosi tylko 44%. Łuszczyca pospolita typu 1 ma cięższy przebieg niż łuszczyca pospolita typu 2.
EUROArray HLA-Cw6 Direct został specjalnie zaprojektowany do oznaczania alleli HLA-C*06. Test ten jest szczególnie łatwy do wykonania w porównaniu z innymi metodami biologii molekularnej stosowanymi do wykrywania HLA-C*06. W tym systemie testowym startery PCR zostały tak wybrane i zoptymalizowane, aby wykryć wszystkie istotne podtypy HLA-C*06.
